Согласно обвинению, Сияфат Фарзалиев был привлечен представителями иностранной спецслужбы к тайному сотрудничеству за материальное вознаграждение. По их заданию он осуществлял шпионскую деятельность в ущерб суверенитету, территориальной целостности, государственной безопасности и обороноспособности Азербайджанской Республики. Кроме того, он незаконно приобрел, носил и хранил составные части огнестрельного оружия. В ходе следствия было установлено, что житель Нахчыванской Автономной Республики Фарзалиев во время пребывания на территории иностранного государства был завербован представителями спецслужбы этой страны для тайного сотрудничества за материальное вознаграждение. После возвращения на родину по их указанию он осуществлял видеосъемку военных и других стратегически важных объектов, расположенных на территории города Нахчыван и Шахбузского района, затем передавал полученные материалы представителям иностранной спецслужбы.

С.Фарзалиева задержали в результате оперативно-розыскных мероприятий, проведенных Службой государственной безопасности Азербайджана (СГБ). Ему были предъявлены обвинения по статье 228.1 (незаконное приобретение, передача, продажа, хранение, перевозка или ношение огнестрельного оружия, его составных частей, боеприпасов, взрывчатых веществ и устройств) и статье 274 (государственная измена) УК Азербайджанской Республики.