Намиг Агаларов обвиняется в участии в составе незаконных вооруженных формирований в 2008–2009 годах на территории Афганистана, Пакистана и других стран в организации вооруженных засад против личного состава Международных сил содействия безопасности (ISAF) под мандатом ООН, применении взрывных устройств дистанционного действия, а также в организации вооруженных нападений на представителей международных организаций, граждан различных стран, выполнявших международные миссии, и логистические сети.

Сообщается, что на протяжении последних лет Намиг Агаларов, пытаясь избежать ответственности, скрывался в различных странах под разными именами. Также имеются сведения о его причастности к деятельности по распространению джихадистской и радикальной религиозной пропаганды.