Намиг Агаларов обвиняется в том, что в 2008–2009 годах в составе незаконных вооружённых формирований в Афганистане, Пакистане и других странах участвовал в организации вооружённых засад против личного состава Международных сил содействия безопасности, действовавших под мандатом ООН, применении дистанционно управляемых взрывных устройств, а также в организации вооружённых нападений на представителей международных организаций, граждан различных стран, выполнявших международную миссию, и на логистические сети.

Имеются также сведения о том, что Намиг Агаларов, который в течение прошедших лет скрывался в разных странах под различными именами с целью избежать ответственности, также занимался пропагандой джихада и радикальной религиозной идеологии.