Чешская Республика признала независимость Узбекистана 24 января 1992 года, а дипломатические отношения были установлены 1 января 1993 года.

Основы двустороннего политического диалога были заложены в ходе визита первого президента Узбекистана Ислама Каримова в Чехию в январе 1997 года. В том же году Ташкент посетил премьер-министр Чехии Вацлав Клаус, а в 1999 году — премьер-министр Милош Земан.

В 2004 году Вацлав Клаус, который к тому времени стал президентом Чехии, вновь приехал в Узбекистан. Ранее, в 2002 году, Ислам Каримов посещал Прагу как гость саммита НАТО.

В последующие годы политический диалог стал менее интенсивным, а в 2014 году Ислам Каримов отменил визит в Прагу после того, как ряд министров чешского правительства под формальным поводом отказались встречаться с ним на фоне критики за нарушения прав человека. Ситуация сопровождалась давлением со стороны правозащитных организаций, направивших протесты против визита. В целом, это отражало ограниченный уровень политического взаимодействия между Узбекистаном и западными странами в тот период, несмотря на прагматический интерес к сотрудничеству, включая экономические проекты и транзитное значение Узбекистана для операций НАТО в Афганистане.

Активизация контактов произошла лишь в последнее десятилетие. В апреле 2023 года Узбекистан посетил премьер-министр Чехии Петр Фиала, а в октябре того же года премьер-министр Узбекистана Абдулла Арипов совершил ответный визит в Прагу, где провёл встречи с президентом Петром Павелом и чешским правительством.

В октябре 2024 года Узбекистан посетил министр иностранных дел Чехии Ян Липавский. В 2025 году президенты двух стран — Шавкат Мирзиёев и Петр Павел — провели встречу на полях Генеральной Ассамблеи ООН.

Между внешнеполитическими ведомствами двух стран проведено семь раундов политических консультаций, последний — в 2019 году в Праге.

Торговля между странами за последние годы показывает динамичный, но не постоянный рост.

В соответствии с Соглашением о партнёрстве и сотрудничестве между Узбекистаном и ЕС во взаимной торговле с Чехией установлен режим наибольшего благоприятствования.

Основные статьи экспорта Узбекистана включают услуги, промышленные товары, химическую продукцию, продовольствие и сырьё. В импорте преобладают машины и транспорт, химическая продукция и промышленные изделия.

В Узбекистане действуют 36 компаний с участием чешского капитала, включая 14 предприятий со 100-процентным иностранным участием.

Ключевым механизмом экономической координации остаётся межправительственная комиссия по экономическому, промышленному и научно-техническому сотрудничеству. Всего состоялось 10 заседаний, последнее — в марте 2025 года в Праге.

Чехия ежегодно выделяет квоту в 150 рабочих виз для граждан Узбекистана, чтобы официально привлекать специалистов, особенно в здравоохранении и уходе за пожилыми. По оценкам, в Чехии работают примерно 3000 граждан Узбекистана (в промышленности, строительстве, торговле и других сферах).

Страны развивают программы подготовки специалистов под потребности чешского рынка, такой подход отражает переход от неформальной миграции к плановым трудовым обменам.

Чехия традиционно привлекает студентов из Узбекистана. Число студентов из Узбекистана в чешских вузах удвоилось — с примерно 350 в 2020 году до 650−700 в 2025 году. Основные направления — технические, экономические, аграрные и IT-специальности. Роль в этом сыграла государственная стипендиальная программа Чехии, предоставляющая узбекским гражданам места для обучения на бакалавриате, магистратуре и докторантуре.

Сотрудничество охватывает ряд университетов, включая Карлов университет, Чешский технический университет и Чешский агротехнический университет.

Вузы двух стран также реализуют совместные научные проекты. Археологическая экспедиция Термезского государственного университета и Карлова университета ведётся с 2003 года. С 2002 по 2011 годы она изучала археологические памятники Шерабадского оазиса, после раскопок в Джандавлаттепе начались изучения в предгорьях Кохитангтог и Бойсунтог, а с 2021 года — вела создание археологической карты Джаркурганского района. В ходе исследований обнаружены ранее неизвестные памятники бронзового и раннего железного века.

Чешская геологическая служба вместе с узбекскими геологами работала над проектом по моделированию развития золоторудного месторождения орогенного типа на месторождении Амантайтау в Узбекистане. Эта же служба работала с Национальным университетом Узбекистана над оценкой потенциала платиноидов на месторождениях золота и меди в Узбекистане. В результате проекта было обнаружено высокое содержание палладия на месторождении порфирового типа Кальмакыр.